1989 m. chorą įkūrė dirigentas ir kompozitorius Remigijus Merkelys ir ilgametis choro direktorius Algimantas Gurevičius. Nuo 1992 m. chorui vadovauja dirigentas ir kompozitorius Vaclovas Augustinas. 1994 m. „Jauna Muzika“ tapo Vilniaus miesto savivaldybės choru, o direktorės pareigas perėmė Salomėja Jonynaitė.
Chore dainuoja profesionalūs muzikai – Lietuvos muzikos ir teatro akademijos absolventai ir studentai. Programose dalyvauja nuo 24 iki 50 dainininkų. „Jauna Muzika“ – aktyvus muzikinis kolektyvas, kasmet surengiantis daugiau nei 60 koncertų savo šalyje ir užsienyje. Jo misija yra profesionaliai atlikti ir pasiūlyti klausytojui be galo turtingą ir vertingą choro muzikos a cappella lobyną bei reprezentuoti lietuvių kompozitorių kūrybą.
1990–1996 m. „Jauna muzika“ dalyvavo 16-oje tarptautinių chorų konkursų, iš kurių 15-oje tapo nugalėtoja. 1993 m. Varnoje (Bulgarija) tarptautinių chorų konkursų asociacijos rengiamose Didžiųjų prizų nugalėtojų varžytuvėse choras laimėjo aukščiausią apdovanojimą – Grand Prix Europeo.
Choras atlieka vokalines-instrumentines kompozicijas su savo šalies kameriniais ir simfoniniais orkestrais, o koncertinių kelionių metu ir su tokiais žinomais pasaulio kolektyvais, kaip Tel Avivo simfoninis orkestras, Izraelio kamerata, Jeruzalės simfoninis orkestras, Liudvigsburgo festivalio orkestras, Berlyno simfoninis orkestras, Berlyno solistai, Maskvos virtuozai, Sankt Peterburgo kamerata, Novosibirsko kamerata ir Novosibirsko kamerinis orkestras. Lietuvoje choras yra giedojęs su Lietuvos nacionaliniu simfoniniu orkestru, Lietuvos valstybiniu simfoniniu orkestru, Vilniaus savivaldybės Šv. Kristoforo kameriniu orkestru ir Lietuvos kameriniu orkestru.
Chorui dirigavo tokie batutos meistrai kaip Pinchas Steinbergas, Wolfgangas Gönenweinas, Noamas Sheriffas, Friederis Berniusas, Davidas Shallonas, Nicholas McGeganas, Andersas Eby, Vladimiras Ashkenazy, Vladimiras Spivakovas, Werneris Pfaffas, Simonas Halsey, Hermannas Maxas, Rinaldo Alessandrini, Manfredas Honeckas, Williamas Boughtonas, Murry Sidlinas, Avneris Bironas, Johannesas Prinzas, Bo Holtenas, Bobas Chillcotas, taip pat Saulius Sondeckis, Gintaras Rinkevičius, Robertas Šervenikas, Donatas Katkus, Modestas Pitrtėnas, Vytautas Lukočius. Koncertinių kelionių maršrutai driekiasi per Europos šalių miestus, koncertuota Kinijoje, po keletą sykių Japonijoje ir Izraelyje. Chorui teko dainuoti tokiose garsiausiose pasaulio salėse kaip Miuncheno filharmonija, „Suzan Dellal Centre“ Tel Avive, „The Fredric R. Mann Auditorium“ Tel Avive, „Haifa Auditorium“, „Bimot“ Jeruzalėje, Drezdeno kultūros rūmų didžioji salė, Ludvigsburgo teatro salė, šv. Mato bažnyčia Budapešte, „Alte Opera“ Frankfurte, S. Rachmaninovo salė Maskvoje, Berlyno filharmonijos kamerinės muzikos salė, Berlyno festivalio teatre, Šanchajaus didžiojoje operoje.
„Jauna muzika“ yra Tarptautinės choro muzikos federacijos narė. 1999 m. Roterdame vykusiame šios organizacijos pasaulio choro muzikos simpoziume choras atstovavo Lietuvos choro menui. 2003 m. už Lietuvos ir jos sostinės vardo garsinimą pasaulyje choras pelnė „Vilniaus garso“ premiją. Vilniaus savivaldybės choras „Jauna muzika“ ne tik aktyviai koncertuoja, bet ir pats yra reikšmingų projektų iniciatorius. Nuo 1995 m. choras rengia kasmetinius choro muzikos interpretavimo ir dirigavimo kursus, kuriuos vesti kviečia žymius Europos ir pasaulio choro meno specialistus. 1998 m. rudenį choro iniciatyva pagrindinėse Vilniaus salėse buvo surengtas tarptautinis muzikos festivalis „Amžinoji Jeruzalė“,, 2000 m. kartu su Vilniaus Rotušės festivaliu „Jauna muzika“ pakvietė baroko muzikos gerbėjus į koncertų ciklą „Anglų ir prancūzų baroko muzika“, kuriame dalyvavo ansambliai „The Kings Consort“ (Didžioji Britanija) bei „Il Seminario Musicale“ (Prancūzija), o 2001 m. – į „Vokiečių ir lenkų baroko muzikos dienų“ koncertus, kuriuose galėjome girdėti vokiečių baroko muzikos ansamblį „Musica Antiqua Köln“ bei lenkų „Cappella Gedanensis“. 2002 – 2005 m. choras rengė koncertų ciklą, skirtą Vilniaus evangelikų liuteronų bažnyčios vargonų atstatymui, Vienas iš sėkmingų šiuolaikinių tarpdisciplininių projektų, įgyvendintų kartu su kompozitoriumi Giedriumi Kuprevičiumi ir režisieriumi Gyčiu Padegimu, buvo operos-sarsuelos „DaliGala“ pastatymas Šv. Kotrynos bažnyčioje 2008 m. pavasarį. Nuo 2006 m. rengia koncertų ciklą Vilniaus Šv. Kotrynos bažnyčioje.
2009 m. choras šventė savo koncertinės veiklos dvidešimtmetį. 2010 m. choro vadovas, dirigentas ir kompozitorius Vaclovas Augustinas buvo apdovanotas Lietuvos Nacionaline kultūros ir meno premija už chorinio meno galių plėtrą ir sakralinės muzikos šiuolaikiškumą.