Vanilla Ninja susikūrė 2002 metų vasarą. TopTen įrašų kompanija nutarė sukurti naują ir skirtingą merginų grupę. Kompanijos prodiuseriai pradėjo ieškoti tinkamų kandidačių. Pirmoji mergina buvo Maarja Kivi, kuri buvo žinoma nemažam ratui muzikos mylėtojų, kaip kelių dainavimo konkursų nugalėtoja. Taip pat 2002 metais ji debiutavo nacionalinėje Estijos Eurovizijos atrankoje. Sekanti mergina buvo Lenna Kuurmaa, kuri buvo „Fizz Superstar“ konkurso nugalėtoja. Taip pat buvo pakviestos Piret Järvis ir Katrin Siska.

Kai grupė buvo surinkta, prie grupės prisijungė kompozitorius Sven Lõhmus.

Pirmosios Vanilla Ninja dainos buvo „Nagu Rockstaar” ir „Purunematu”. Jos buvo įdėtos į TopTen leidžiamus rinkinius: „Autumn Hit 2002” ir „Winter Hit 2003”.

Trečioji daina „Club Kung Fu” buvo tikras pasisekimas. Ji pasiekė viršūnę 2003 metų nacionalinėje Estijos Eurovizijos atrankoje. Vanilla Ninja debiutinis albumas pasirodė 2003 medų gegužę.

2003 metų pabaigoje grupė išgarsėjo pasauliniu mastu, kai su Vokietijos prodiuseriu pagalba išleido singlą „Tough Enough“. Šis singlas pradėjo „suktis“ daugelyje Europos radijo stočių.